Un elitista y aislado colegio vive rodeado de misterio. Sus alumnos y profesores son personas que parecen esconder un oscuro pasado. Un grupo de estudiantes irá descubriendo pruebas que les llevarán hasta lo que parece una conspiración de grandes dimensiones... ¿Quién es inocente y quién no?
Tras la presunta muerte de sus padres en un naufragio, una pareja de hermanos llega al elitista internado Laguna Negra. El mayor de los dos, Marcos, es un adolescente serio y dolido por la muerte de sus padres, mientras que Paula es una niña pequeña, alegre e imaginativa que inventa fantasías sobre todo lo que le rodea. Los dos hermanos deberán adaptarse a su nuevo hogar, a su nuevo tutor y director del centro, Héctor de la Vega, así como a sus nuevos compañeros.
Mientras tanto, una joven llamada María escapa del centro psiquiátrico donde estaba encerrada injustamente con la convicción de encontrar al hijo que le robaron hace años, cuando era una adolescente. Con este propósito llega al internado Laguna Negra, donde su hijo es estudiante. Allí será contratada como asistenta por Héctor, lo que despertará los celos de la prometida de éste, Elsa, y conocerá a la gobernanta del colegio, Jacinta, y al cocinero, Fermín.
Desde el primer momento, Marcos chocará con Iván, un joven problemático hijo de un empresario acaudalado, y sentirá una fuerte atracción hacia Carolina , la novia de este. También entablará amistad con Vicky, una chica humilde que ha entrado en el internado tras mucho esfuerzo, Roque, un joven poquita cosa que sigue a Iván, y Cayetano, el mejor amigo de ambos.
Sin embargo, Marcos no deberá enfrentarse solo a su nuevo día a día. También descubrirá que el internado es un lugar oscuro, donde el peligro se esconde en cada esquina y nadie es lo que parece. Tras la misteriosa muerte de uno de los profesores, Marcos y sus nuevos compañeros comenzarán una investigación que les conducirá a la extraña desaparición de niños que se produjo años antes. Los secretos, las mentiras y la muerten son el día a día de El Internado